アイドリング時は効くが、走り出してしばらくすると効かなくなるということで入庫。

現象を確認するために走行テストを実施。アイドリング時は吹出し口温度で3℃まで下がっていましたが、走行しはじめ10分くらいで冷えなくなることを確認。　

そこで、マグネットクラッチ、ロープレッシャースイッチ、そしてハイプレッシャースイッチの電圧をモニターしながら、再度走行テストを実施したところ、現象が出たときのロープレッシャースイッチの入力以外の電圧値が同時にすべて0Vを指示。
エアコンアンプ→ロープレッシャー→ハイプレッシャー→クラッチと流れていることを配線図で確認し、ロープレッシャースイッチが不良していることが特定。

部品を新品に交換して再び走行テストを行い、正常に作動することを確認し完成です。

おそらく走行時の振動で不具合が発生したのだと思います。